Stefan Wallén är född och uppvuxen i Nacka och det var i Järla IF han spelade fotboll fram till 21 års ålder. Samtidigt spelade han ishockey i Nacka SK och var ett år med om att kvala till högsta serien. Men när han inför 1976 års säsong lämnade Järla IF för att gå till AIK slutade han med ishockeyn.
Det var inte självklart att det skulle bli just AIK. Han hade provspelat för Djurgården men genom Lennart Hemming, lagledare i AIK och flerårig tränare i Järla IF i slutet av 1960-talet, blev det till slut AIK.
Stefan spelade tre år i AIK, tre år kantade av skador och olycksfall. Det började redan 1976 med att Stefan, vid sidan av planen, fick sin käke sönderslagen. Sommaren samma år blev han meniskopererad och 1978 opererades ledbandet i höger knä. Skadorna gjorde att det aldrig blev någon kontinuitet i Stefans träning och spel i AIK.
Allsvenska debuten skedde borta mot Öster 1976. Dagens Nyheter skrev:
"Ett stort glädjeämne hos svartingarna var nye backen Stefan Wallén, som gjorde allsvensk debut. Han hade nöjet att möta Östers landslagsytter Tommy Evesson. Och Stefan klarade sin uppgift utmärkt. Efter den här insatsen kan Järlas div IV-spelare räkna sig som ordinarie i allsvenskan!"
Men Stefan blev aldrig riktigt ordinarie. Som mest spelade han fyra allsvenska matcher i rad hösten 1976 (varav två matcher som inhoppare) och även fyra matcher i rad våren 1978 (alla som högerback). Just hösten 1976 var nog Stefan som allra bäst. Han hade gjort sitt enda allsvenska mål, mot Örgryte 26 september (pass från Yngve Leback på vänsterkanten till en i mitten helt fristående Stefan Wallén som enkelt bredsidade in slutresultatet 5-2) och tre dagar senare spelade AIK borta mot turkiska Galatasaray i Cupvinnarcupen. AIK hade spelat bedrövligt dåligt mot turkarna hemma på Råsunda (1-2 i en match där Stefan inte var med) men gjorde nu en utmärkt insats. Stefan Wallén tillhörde de bästa AIK:arna och lagledaren Bruno Nyberg öste beröm över Stefan efter matchen. Stefan gjorde också ett mål tio minuter före full tid, ett skott utifrån efter hörna. AIK och Stefan Wallén hade bud på fler mål men matchen slutade 1-1 och turkarna gick vidare i cupen.
1977 höll Stefan på att spela sig in som AIK:s högerback. Men efter ett par riktiga bakslag för AIK, 3-6 mot IFK Göteborg och 0-5 mot IFK Norrköping, plockades Stefan med flera ur laget. Han kom tillbaka i framför allt några vårmatcher 1978 men tiden i AIK närmade sig slutet. Efter 1978 återvände Stefan Wallén till Järla IF där förre AIK:are Olavus Olsson nu blivit tränare. De var bland annat med om att slå ut Gais i ett kval till division 2.
Stefan Wallén spelade framför allt ytterback i AIK. Han var snabb och hård men hade svagheter i markeringsspelet. Han ådrog sig också för många skador för att kunna bli en etablerad allsvensk fotbollsspelare.